このように背表紙の漫画原稿ガイドが適切に設定されていない状態だと正しく結合されません。
漫画原稿ガイドを適切に設定してから、もう一度表紙結合を行ってください。漫画原稿ガイドは、メニューの「表示」⇢「漫画原稿ガイドの設定」で変更できます。

また、次のようにプロジェクトの背表紙設定を行ってから背表紙ページを追加することで、漫画原稿ガイドが正しく設定されたキャンバスを開くこともできます。

表紙結合時に塗り足し部分は切り落とされます。