Es posible que esto se deba a la función Scribble de iOS.
Prueba a desactivar Scribble y comprueba si se solucionan los problemas.
▼Cómo desactivar Scribble
Ves a Ajustes en tu iPad y > Selecciona Apple Pencil > Desactivar Scribble
Aquí tienes un vídeo detallado sobre cómo solucionar el problema.