iOSのアプリで、透過pngで保存しても背景が透過されません。

iOSではバージョンによっては、透過画像の背景を自動的に白背景にする仕様があるそうです。
（※ OSの写真アプリやiCloudなどに画像を出力すると白背景に変更されるようです。）
出力先がOSのファイルアプリであれば仕様で加工されない可能性があるため、よろしければ出力先の変更をお試しください。